1987年，乔石接棒陈云，成为1978年中纪委重建后的第二任中纪委书记，自此直到1993年调任全国人大委员长。乔石担任中纪委书记的五年多，各级纪检机关查处党内违纪案件874690件，处分党员733543人，其中154289人被开除党籍，42416人移送司法机关。733543名受处分的党员中，省军级110人，相当于每年查处22名省军级官员。

主张纪委与政法委各司其职

        乔石履新中纪委书记时，同时兼任中央政法委书记。他面临的首个重要问题，就是如何摆正纪检部门与政法部门的关系。

        司法部原副部长佘孟孝2012年发表的回忆文章中说，“当时，在反腐败斗争中，有人主张纪检部门与政法部门‘联合办公’，共同处理违纪违法案件;有人主张公、检、法各部门提前介入纪检部门查处的重大违纪案件，便于以后连线跟踪查处违法案件”。

        “对这些主张，乔石毫不含糊表明了自己的看法”，佘孟孝在文中写到，对于政法委跟纪委的关系，乔石有以下四大主张。

        查处违法是以宪法和法律为准则，必须由国家司法部门来承担;查处违纪是以党章和党的组织纪律规定为准则，必须由党的纪检部门来承担，二者各司其职，不能合在一起。

        纪检部门查处违纪案件中，发现有的党员涉及违法犯罪，先要处理违反党纪行为，然后再把涉嫌违法犯罪材料转交给检察部门，由检察部门依法确定立案不立案、起诉不起诉。各按规定程序办，不能违反法定程序。

        纪检部门把涉及违法犯罪的案件交给司法部门查办后，要尊重法定的公安部门的侦察自主权、检察院的检察自主权、法院的审判自主权,不能再作任何干预。

        司法部门在办理纪检部门提供的违法犯罪案件的过程中，如案情有新的发展，应跟纪检部门通气。

        “从此纪检部门和司法部门都按此办理，使查处违纪违法案件步入了各司其职的正轨”。