由于种种原因，许多学生进入高校后却发现自己不喜欢不适合所学专业。而受教学资源制约，高校在允许本科生转专业时，转出和转入人数、申请资格和成绩都有要求，允许转专业的对象往往集中在本科一、二年级和集中成绩优异者之中。

　　如何让每个学生都能学其所爱、学其所长，是中科大一直致力探索的重要课题。从2002年开始，学校就推行本科生自主选择专业的创新举措，并逐步完善体制机制，消除客观壁垒，使本科生入学后至少有三次自主选专业的机会。即学生进校一年后，可根据兴趣在全校范围内自主选择学院或学科类别；二年级春季学期可参加由学校统一组织的中期分流；二年级及更高年级的学生每学期均可个别申请转专业。

　　对于由于特殊原因转专业申请未获批准的学生，中科大规定，可以在学籍不变的情况下，由学业指导专家根据学校培养方案和学生具体情况，为其制定个性化培养方案。学生修读完全部认定课程后，即可视作学生达到该专业的毕业要求，授予该专业的毕业证书及学位证书，不受原学籍所在学科或专业限制。

　　为确保自主选择与提高培养质量相一致，中科大全面修订了本科培养方案，构建起以通修课程、学科群基础课程、专业核心课程、专业方向课程为主干的课程体系，消解课程壁垒。在学校排课安排上，各学院内部前两年课程完全一致，只排通修课程与学科群基础课；专业核心课从第三学年开始排课，专业方向课从第三学年最后一个学期开始排课。全校一二年级课程基本一致，即使是跨学院、学科转专业，学生只要补修几门课，就能跟上新专业学习进度。

　　按照因材施教、个性化分类培养的教育理念，中科大还成立了“学生学业指导中心”。重点指导在学业发展上有不同层次需要的同学，对他们在学业规划、学业困惑、专业选择等方面给予专门的指导。为转专业、跨学科交叉学习的学生进行专业方向指导，帮助学生作出合适的选择，指导学生选课和制定科学的修读计划等。